Die Vielfältigkeit des Rohwareneinsatzes beinhaltet zwangsläufig auch die Notwendigkeit einer umfassenden Qualitätsabsicherung. Die Mischfutterbranche hat hierzu eigene Initiativen ergriffen und z. B. Monitoring-Untersuchungen organisiert. So wurde 1995 die Dioxinbelastung von 33 Sorten Einzelfuttermitteln in Österreich untersucht. Parallel dazu werden durch vertragliche Präzisierungen und Erweiterungen die Rohstofflieferanten stärker in die Qualitätsbemühungen eingebunden.

In einem weiteren gemeinsamen Schritt zur Qualitätssicherung und Futtermittelsicherheit beauftragten die österreichischen Mischfuttererzeuger im Jahr 2005 die Agentur für Gesundheit und Ernährungssicherheit, österreichweit bei jedem Mischfutterwerk nach einem von Experten entwickelten Probeziehungsplan Proben von Einzelfuttermitteln und Zusatzstoffen zu ziehen und diese auf bestimmte Schwermetalle, Mykotoxine und andere Schadstoffe zu untersuchen. Die dabei gewonnenen Analysedaten sind jedem Mischfutterhersteller per Internet zugänglich und ermöglichen beim Einkauf von Rohstoffen die sichersten Lieferquellen zu finden. Bei Überschreiten von bestehenden gesetzlichen Grenzwerten werden sofort behördliche Maßnahmen eingeleitet. Dieses ausschließlich selbst finanzierte Projekt „Schadstoffmonitoring der österreichischen Mischfutterhersteller“ wird jährlich durchgeführt.

Neben der speziellen Rohwarenabsicherung werden in der Mischfutterbranche zunehmend Qualitätssicherungssysteme genutzt. Seit dem Frühjahr 2002 hat die AGT ein HACCP-Konzept (Hazard Analysis Critical Control Points) entwickelt, welches auf den FEFAC-Leitlinien für die Umsetzung eines Leitfadens für eine „Gute Herstellungspraxis bei Futtermitteln“ aufgebaut ist. Seit 2004 besteht der nationale Leitfaden: „Die gute Herstellungspraxis Österreichischer Mischfuttererzeuger“. Dieser wurde 2005 an den aktuellen „Europäischen Leitfaden für Mischfutterhersteller“ der FEFAC angepasst und vom Bundesministerium für Land- und Forstwirtschaft als nationale Leitlinie im Sinne des Art. 21 der Verordnung (EG) 183/2005 genehmigt.

Eine Lösung in Sicherheitskonzepten für Futtermittel in der Nahrungsmittelkette ist somit innerhalb aller Produktionsstufen zu sehen und nicht eingeschränkt auf die Futtermittelwirtschaft.